2017年1月1日起，新三板分层之后挂牌公司首个年报（2016年年报）披露拉开帷幕，全国股转系统将重点关注挂牌企业持续经营能力，尤其是因分层等可能引起的修饰财报情况将被重点关注。

2016年6月27日新三板实施了内部分层，未来创新层的企业较基础层的企业更易获取资本支持，分层制度也使得投资者更容易识别出新三板优质的投资标的。同时预计分层制度的后续政策将在未来一两年内集中发布，给予创新层企业进一步的制度红利，促进优质企业挂牌新三板，提高新三板市场的整体质量。

市场人士普遍认为，由于预计创新层制度红利将逐步显现，因此2017年作为分层后的首次调整，或有基础层企业为升级、创新层企业为保级而粉饰财报的现象。

全国股转系统日前发布《关于做好挂牌公司、退市公司及两网公司2016年年度报告披露相关工作的通知》，要求挂牌企业做好2016年年度报告披露工作，为提高披露质量，新三板挂牌公司被要求披露持续经营能力评价，会计师事务所也被要求关注挂牌公司持续经营能力。同时特别提出注册会计师在审计过程中应充分考虑由于融资、分层、IPO及对赌等可能引起修饰财务报表的情况。

自2016年6月27日起，全国股转系统正式对挂牌公司实施分层管理。截至2017年1月3日，基础层有9231家企业，创新层有952家企业。目前已经有一部分创新层企业因为被行政处罚以及达不到创新层标准和维持标准，预计将于2017年5月份的年度调整后将被降至基础层，同时部分基础层企业也有望冲击创新层。根据分层管理办法，全国股转系统将根据分层标准及维持标准，于每年5月份最后一个交易周的首个转让日调整挂牌公司所属层级。